Cụ thể,ềuquyđịnhmớivềhóađơngâykhórủirochodoanhnghiệảnh đôi bạn thân khi thực hiện lập hóa đơn trong hoạt động tạm nhập tái xuất, tạm xuất tái nhập, xuất hàng dưới hình thức cho vay, cho mượn và nhận hoàn trả hàng hóa, doanh nghiệp phải thực hiện thủ tục hải quan và xuất hóa đơn thương mại theo đúng quy định. Hoạt động này được kiểm soát rất chặt chẽ bởi cơ quan hải quan theo quy định pháp luật hải quan. Đây không phải là hoạt động bán hàng, dịch vụ, không nhằm mục đích tạo ra lợi nhuận, doanh thu tại thị trường Việt Nam nên yêu cầu phải xuất thêm hóa đơn thuế nội địa sẽ làm phát sinh thêm thủ tục hành chính, tăng thêm nhân lực của doanh nghiệp.
Thứ 2 là về thời điểm lập hóa đơn với hàng hóa xuất khẩu, dự thảo quy định thời điểm lập hóa đơn với trường hợp xuất khẩu hàng hóa là không quá 24 giờ kể từ thời điểm cơ quan hải quan xác nhận hoàn tất thủ tục hải quan. VCCI cho rằng quy định "cứng" thời điểm lập hóa đơn sẽ gây khó khăn cho các bộ phận xuất hóa đơn của doanh nghiệp do thời gian có thể không trùng với giờ làm việc hành chính, gây áp lực về mặt vật lý trong triển khai thực tế.
Ngoài ra, quy định này cũng chưa phù hợp với các doanh nghiệp ưu tiên do pháp luật hải quan cho phép các doanh nghiệp này được hoàn thành thủ tục hải quan sau 30 ngày kể từ lúc xuất, nhập khẩu hàng hóa.
Thứ 3 là quy định về xuất hóa đơn theo ngày với cơ sở kinh doanh thương mại bán lẻ. Điều này đồng nghĩa với việc các cơ sở kinh doanh thương mại bán lẻ, kinh doanh dịch vụ ăn uống theo mô hình hệ thống không được xuất hóa đơn cuối ngày mà phải xuất hóa đơn theo từng lần mua hàng từ máy tính tiền có kết nối chuyển dữ liệu điện tử với cơ quan thuế. Theo phản ánh của doanh nghiệp, quy định này sẽ tăng chi phí rất nhiều cho doanh nghiệp trong đầu tư ban đầu, duy trì hệ thống, lưu trữ dữ liệu; tạo áp lực lớn cho ngành kinh doanh thương mại bán lẻ, kinh doanh dịch vụ ăn uống theo chuỗi. "Đề nghị cơ quan soạn thảo cân nhắc lại quy định này, trong đó có việc đánh giá tác động kỹ lưỡng về mặt chi phí lợi ích của quy định này”, VCCI nhấn mạnh.
Thứ 4 là quy định hóa đơn phải thể hiện mã số định danh của người mua. Yêu cầu người mua phải kê khai thông tin về mã số định danh sẽ là một điểm chặn, khiến người mua không muốn lấy hóa đơn do không muốn kê khai thông tin này. VCCI cho rằng, người bán không có cơ chế xác nhận việc mã số định danh do người mua cung cấp là có chính xác hay không. Việc này sẽ gây rủi ro cho doanh nghiệp khi thực hiện xuất hóa đơn. Do vậy, VCCI đề nghị cơ quan soạn thảo cân nhắc lại quy định này.
Thứ 5 là quy định trường hợp số tiền chiết khấu được lập khi kết thúc chương trình chiết khấu thì được lập hóa đơn điều chỉnh cho các hóa đơn đã lập. Theo phản ánh của doanh nghiệp, quy định này sẽ làm phát sinh khối lượng công việc rất lớn vì mỗi hóa đơn điều chỉnh chỉ được điều chỉnh cho một hóa đơn, trong khi doanh nghiệp có thể kinh doanh nhiều mặt hàng, với nhiều chương trình khuyến mãi khác nhau, mỗi chương trình áp dụng cho từng mặt hàng. Từ đó, số lượng hóa đơn tăng lên đáng kể, phát sinh chi phí, nguồn lực cho doanh nghiệp. Đó là chưa nói quá trình áp dụng dễ tạo ra chênh lệch giữa sổ sách kế toán và số liệu kê khai thuế, gây khó khăn trong việc kiểm soát, đặc biệt là các doanh nghiệp thuộc diện công bố thông tin báo cáo tài chính.
Ngoài các góp ý trên, VCCI cũng góp ý Bộ Tài chính về quy định xử lý hóa đơn điện tử trong trường hợp trả lại hàng hóa; xuất hóa đơn với kinh doanh vận tải hành khách bằng xe taxi có phần mềm tính tiền...